Bezpośrednio nad warstwą sieciową w architekturze e-biznesu znajduje się oprogramowanie serwera. Obejmuje to podstawowy system operacyjny serwera i powiązane systemy: zdecydowanie najpopularniejsze są UNIX/LINUX i Microsoft NT. Najniższa część systemu operacyjnego dotyczy interakcji z warstwą sieciową. Jak wspomniano wcześniej, ta ostatnia jest zwykle implementacją TCP/IP, ale możliwe są inne, z których dominują IPX Netware i NetBEUI Microsoftu. Większość systemów sprzedawanych do celów e-biznesu zawiera również narzędzia inne niż podstawowy system operacyjny. Zwykle sprzedawane pod nazwą serwery aplikacji, zawierają serwer WWW do obsługi żądania http , serwer poczty e-mail, usługi bezpieczeństwa zwykle oparte na warstwie bezpiecznych gniazd (SSL) (patrz strona 266), zwykle niektóre urządzenia konferencyjne on-line, katalogi i tak dalej. Dostarczane są również rozproszone usługi zarządzania, coraz częściej wykorzystujące formularze HTML jako interfejs. Nawiasem mówiąc, chociaż problem dotyczy raczej sprzętu niż oprogramowania, powinniśmy zauważyć, że serwery aplikacji nie muszą być dużymi komputerami: wystarczą solidnie zaprojektowane maszyny oparte na procesorach Intel 486 lub podstawowych układach SUN SPARC. Serwer aplikacji staje się nie tylko serwerem WWW plus nieco więcej, ale głównym centrum kontrolnym dla klientów zewnętrznych i innych serwerów , prowadzenie procesów wewnętrznych. Jego mechanizm łączenia z tymi innymi procesami odbywa się za pośrednictwem oprogramowania pośredniczącego.