ERP należy pierwotnie do generacji oprogramowania, które pojawiło się, aby wspierać wizję przebudowy procesów biznesowych (BPR), która była bardzo modna kilka lat temu. Jak wszystkie wizje, od czasu powstania spotyka się z pewną krytyką, w tym przypadku ze względu na brak elastyczności. BPR i ERP energicznie promują potrzebę jednoznacznego stworzenia modelu biznesowego przedsiębiorstwa i budowy infrastruktury dostosowanej do tego modelu. Później jednak niektórzy analitycy twierdzili, że nie jest pożądane, a być może niemożliwe, ograniczanie „nowoczesnych”, wirtualnych przedsiębiorstw do raczej sztywnych modeli, które nieuchronnie wychodzą z BRP. W zamian zwolennicy ERP twierdziliby, że niektóre funkcje organizacji – obsługa materiałów, finanse, zasoby ludzkie itp. są wspólne dla wszystkich organizacji, a ponowne wymyślanie niepotrzebnie zwiększa koszty i czas. (Należy jednak zauważyć, że wprowadzenie ERP na dużą skalę do organizacji nie jest trywialnym zadaniem, nawet przy użyciu produktów zakupionych. Może być wymagane wiele osobo-miesięcy, jeśli nie lat konsultacji i testów). innym argumentem jest to, że systemy ERP zostały zbudowane wokół własnych interfejsów i nie są „otwarte” na inne bazy danych lub na Internet. (To samo zostało powiedziane ogólnie o produktach do pracy grupowej). Twierdzenie to wydaje się mieć pewne uzasadnienie, ale dostawcy ERP coraz częściej otwierają swoje systemy na integrację z „obcym” oprogramowaniem i wprowadzają interfejsy kompatybilne z Internetem. To powiedziawszy, jest więcej niż trochę prawdy w stwierdzeniu, że kompletny, ale elastyczny model biznesowy nie jest możliwy do osiągnięcia w jednym produkcie. Tak jak „tradycyjne” systemy bazodanowe muszą integrować się z serwerami WWW i aplikacjami internetowymi, tak rozwiązania ERP staną się częścią działań integracyjnych. Jest to główne wyzwanie kulturowe dla nowej generacji szybkich programistów eCommerce, a także dla bardziej tradycyjnych projektantów baz danych i wewnętrznych systemów ERP. Elastyczność nie jest łatwa w połączeniu z integralnością i bezpieczeństwem danych, ale osiągnięcie tego będzie najważniejszym krokiem w migracji z prostego e-commerce do kompleksowego e-biznesu o wysokiej wartości dodanej.