Przed operacją płatności SET należy najpierw podjąć szereg kroków: maszyna klienta (należąca do nabywcy) musi być wyposażona w portfel SET, który zawiera certyfikowany certyfikat posiadacza karty wydany przez organizację wydającą. Podobnie sprzedawca (kupiec) ma certyfikat cyfrowy i konto w banku przejmującym, który później rozliczy się z bankiem nabywcy.
1 Gdy nadejdzie czas na zapłatę, serwer akceptanta wysyła wiadomość do klienta dokonującego zakupu, zawierającą szczegóły towaru oraz żądanie do portfela SET klienta. Ta wiadomość została podpisana cyfrowo przy użyciu prywatnego klucza sprzedawcy.
2 Klient może sprawdzić, czy nie został naruszony, dekodując go za pomocą klucza publicznego sprzedawcy. W komunikacie zawarte są certyfikaty dla akceptanta oraz dla bramki płatniczej obsługiwanej przez bank przejmujący. Można je również sprawdzić pod kątem autentyczności, dekodując za pomocą kluczy publicznych.
3 Teraz kupujący tworzy zaszyfrowaną wiadomość opisującą szczegóły zamówienia i instrukcje płatności. Te dwie części są zakodowane osobno, dzięki czemu kupujący może ukryć przed sprzedawcą szczegóły płatności. Klient podpisuje wiadomość i wysyła ją do sprzedawcy.
4 Akceptant sprawdza autentyczność wiadomości, dekoduje szczegóły zamówienia i wysyła (wciąż zaszyfrowaną) dyspozycję płatniczą do bramki płatniczej.
5 Bramka weryfikuje to żądanie płatności, w tym autoryzację z banku wydającego klienta, a następnie wysyła do akceptanta token, który można wymienić na płatność z banku